Vuelos domésticos
Para distancias muy largas o para llegar a las islas, el avión gana al tren. Las compañías de bandera son ANA y JAL, y conviven con las low cost Peach, Jetstar Japan y ZIPAIR. Un Tokio–Sapporo (Hokkaido) o un Tokio–Okinawa son mucho más rápidos en avión que en tren, y reservando con semanas de antelación las low cost ofrecen tarifas que pueden bajar de los 30–60 € por trayecto. Tanto ANA como JAL tienen pases de vuelos domésticos para turistas extranjeros (ANA Experience Japan Fare, JAL Explorer Pass) con tarifas planas muy competitivas en rutas largas. Para Hokkaido, Okinawa o el sur de Kyushu, compara siempre vuelo frente a Shinkansen.
Ferries
Japón es un archipiélago, así que los ferries cubren rutas que el tren no alcanza: entre islas del mar interior de Seto, hacia Hokkaido, las islas de Okinawa o destinos pequeños. La mayoría de turistas solo usa ferries cortos y muy concretos, como el ferry JR a Miyajima (incluido en el JR Pass) frente a Hiroshima, o los barcos del bucle de Hakone por el lago Ashi. Para travesías largas entre islas existen ferries nocturnos con camarote, una alternativa barata pero lenta.
Taxis
El taxi en Japón es seguro, limpio y honesto (no inflan el precio), pero caro para uso continuo. La bajada de bandera ronda los 500–700 ¥ y cada kilómetro añade unos 100–150 ¥, de modo que un trayecto urbano de 10 km puede costar fácilmente 30–40 €. Tiene sentido para equipaje pesado, destinos sin metro de noche o cuando vais cuatro personas y se reparte. La app GO permite pedir taxi en casi todo el país con interfaz en inglés y pago con tarjeta.